تأسست مؤسسة تاريخ دمشق على يد مجموعة من الفاعلين السوريين المهتمين بتاريخ مدينة دمشق، والحفاظ عليه من الضياع، ويدير عمل مؤسسة تاريخ دمشق مجلس أمناء مكوّن من رئيس وثمانية أعضاء، يعملون بالشراكة مع المؤسسين على وضع الأهداف الاستراتيجية للمؤسسة، والإشراف على تنفيذ مشاريعها وتحقيق أهدافها.

تخضع كافة شؤون المؤسسة الداخلية لإدارة وإشراف الإدارة التنفيذية والتي تتكون من المدير التنفيذي، ومدراء المشاريع والأقسام، وتمثل الإدارة التنفيذية المؤسسة وتقوم بإدارة أعمالها بشكل مشترك كما تعمل على تحقيق أهداف المؤسسة واقتراح استراتيجيات عملها.

تتنوع اختصاصات كل من المؤسسين وأعضاء مجلس الأمناء  وأعضاء الإدارة التنفيذية ما بين الاختصاصيين بالتاريخ، إضافة إلى الاختصاصات الأخرى التي تفيد في إدارة شؤون المؤسسة كالاقتصاد والإدارة والهندسة المعمارية والعلاقات الدولية والثقافة والفن، مما يساهم في تحقيق أهداف المؤسسة على كافة الصعد.

د.سامي مبيض
رئيس مجلس الأمناء

التخصص: تاريخ دمشق 1918 – 1958

جميل مراد
 نائب رئيس مجلس الأمناء

التخصص: الوثائق (القرنين التاسع عشر والعشرين)، تاريخ وحفظ الأوراق النقدية السورية، النقود المعدنية، والطوابع

م. هلا الدقاق
 أمين السر

التخصص: تخطيط استراتيجي – متاحف

م. ثائر لحام
أمين الصندوق

التخصص : الأعمال – التجارة الدمشقية

محمد السواح
عضو مجلس الأمناء – مؤسس

التخصص: التصوف الدمشقي – الجامع الأموي

 سحبان عبد ربه
عضو مجلس الأمناء – مؤسس

التخصص: الأرشيف التلفزيوني – أرشفة الدراما السورية

د. ناهد جواد
عضو مجلس الأمناء – مؤسس

التخصص: العمارة الإسلامية في دمشق – التخطيط العمراني

م.  ياسر الجابي
عضو مجلس الأمناء – مؤسس

التخصص: ترميم البيوت والمنازل والقصور الدمشقية

قاسم الشاغوري
عضو مجلس الأمناء – مؤسس

التخصص: العمل الأهلي والمدني – الصحافة والإعلام – برامج الشباب

م. مالك محاسن
عضو مؤسس

التخصص: التاريخ الدمشقي الاجتماعي – العمارة الدمشقية

فادي الاسبر
عضو مؤسس – رئيس تحرير مجلة دمشق للأبحاث المحكمة

التخصص: البرامج الأكاديمية – تاريخ سورية المعاصر والحديث

الفنان جلال شموط
عضو مؤسس

التخصص: الفن والثقافة الدمشقية

ريما العطار
عضو  مؤسس

التخصص: أنماط العيش – الحياة الاجتماعية الدمشقية